手术治疗是治疗感染性肾结石的重要措施，应劝病人尽早手术，但手术治疗是有其适应症的，它包括：①反复发作肾绞痛，估计不能排出或不能溶解的肾结石；小结石短期内未排出或直径0。8cm以下者，肾功能良好和无明显感染者，可采用中西医结合内科治疗，但对于肾结石直径超过1cm者，非手术治疗则较难排出。②合并严重梗阻，严重感染危及肾实质；尿路感染与梗阻互为因果，结石在梗阻和感染的情况下增大迅速，几周内便可形成一鹿角形大结石。上述情况均应尽早手术取出结石，纠正梗阻，控制感染，有手术指征而延缓手术，术后结石复发率高，甚至失去肾功能。手术适应症还包括急性梗阻性无尿或少尿、无功能的脓肾、结石引起的癌变等情况。
近10年来，由于手术术式改良，操作熟练，对大的肾结石和双侧鹿角形结石，更应该尽早手术，保存和改善肾功能。目前，绝大多数复杂性肾结石手术，均能够通过广泛剥离肾窦切开取石，手术损伤小。纵使个别需要做肾切开取石，术时阻断肾蒂血管，采用静脉注射肌苷（阻断肾蒂前10分钟、4～7分钟内静脉滴注肌苷2g，加入5%葡萄糖液40mL）或低温，可保护肾功能。加上改良了的无萎缩性肾切开取石术式的开展，效果良好。当然，个别双侧复杂性肾石，全身情况差，估计术后难以改善肾功能和维持生命，便不能贸然施行手术。
近年来，有人提倡体外肾切开取石术，我们认为：本术式的病例极罕见，在一个有感染的肾脏切开取石作肾自体移植术，血管吻合处容易发生感染，造成术后血管意外，肾脏功能丧失，故采用本术式应慎重。
复杂性多发性肾结石，术后残余结石高达20%。近年来，中山医科大学叶任高教授研制的牛凝血酶加牛血浆凝固性肾盂切开取石术，大大降低了术后残余结石的发生率。
