萎缩性胃窦炎和萎缩性胃体炎，用药并不完全相同，而且不能长期服用有抗酸作用的药物，以免使胃酸分泌减少，加重病情。
一般来说，萎缩性胃窦炎病变只局限于胃窦，病情轻、预后好，病人在食用酸、甜、辣的食物时，会出现胃酸或泛酸，特别是合并幽门螺杆菌感染时，可短暂使用抑酸药，但连续使用不应超过两周。萎缩性胃体炎则以胃体为“根据地”，弥漫到胃底、胃角、胃窦，范围大、病情重、预后差，不仅要禁用抑酸药，甚至还需补充酸剂。
如果萎缩性胃炎伴消化不良者，可服用乳酸菌素片等；伴贫血者，可选用叶酸、维生素B12、硫酸亚铁等。而中成药中，摩罗丹、温胃舒、养胃舒、乌梅丸、山楂丸等也能帮助患者改善症状，促进食欲。
常见抑制胃酸分泌的药物有西咪替丁、雷尼替丁、法莫替丁、奥美拉唑、雷贝拉唑、服止宁、替喹溴铵、丙谷胺、胃必治等，这些药物萎缩性胃炎患者都要慎用。
