近百年来，中西医比较说，是个十分风行的话题。坚守中医壁垒者认为，中医辨证思维的光辉，理应优于西医；而祟尚欧化者则提出，当今科学发展日新月异，而中医则固守传统，自难取得新的长足发展。以上所争，虽各自从彼此的比较中得出，可是毕竟因为带有较强的感情色彩，所以势难得到客观公正的评判。
若要客观公正地评判、比较中西医的异同，自有多种不同角度，可供选择。然而，比较切实而为多数人所接受的，通常还得从生理与病理，辨证与辨病，药物与治疗等方面加以考察。
在生理上，西医的优势在于从五脏六腑，血液神经，肌肉骨胳等客观功能上，进行客观细致的科学研究和分析。从这—点上看，中医则与之相去较远。虽说中医也有解剖，并且起源极早，如古代医学巨著《灵枢·经水》就曾说道：若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之，其死可解剖而视之，其脏之坚脆，腑之大小，各之多少，脉之长短，血之清浊，气之多少……皆有大数。”但是中医学并没有沿着解剖研究的方向发展自己的中医理论，而是有其独特的抽象的生理模型。为此，中医解释心的功能，可以超出心的范围，解释肝的功能，可以超乎肝的个体。中医的藏象学说，是在解剖生理的理论基础上的进一步综合。
就病理而言，西医认为有器质性和功能性的不同，并且注重追查实际的病根。如心悸不适，西医就诊必先分析其为功能性，还是心脏脏器本身出了问题。此外还十分地重视微生物如细菌毒素所引起的人体病理反应。而中医则从综合思辨的角度，把人体的一切病理变化，纳入到“病机十九条”的范畴中去。此后，临床医学，对此并有较多的发展补充，如阴阳失调，邪正相争，气血津液失调等等。其中尤以阴阳失调为其最基本的病机。
在健康状态下，人体处在“阴平阳秘”的相对稳定状态。当这种稳定状态一旦遭到破坏，人体便就进入病理状态了。譬如同一咳嗽：碰到西医则必先明确是上呼吸道感染、气管炎，还是肺结核病，甚至肺癌等等，而中医则辨明其为外感还是内伤，如系外感则又有风寒、风热的不同，如系内伤则有肺虚、肾亏，甚或有“五脏六腑皆令人咳”的说法。再如就头晕来说；西医必定先要辨明是高血、贫血、神经衰弱，还是脑中生有其他疾病，方始用药，而中医则辨证为血虚、肾亏、肝风……等等。
无庸讳言，辨证施治虽有其特长，然而借鉴西医现代化的诊断设备， 更能弥补中医辨证的不足，因而早已引进到中医临床中来了。譬如中医碰上某些必须借助于西医现代比诊断手段的病例；实际上是同样毫无例外地采用透视、化验等方法的。
谈到药物与治疗，西医所用，多数为化学合成品，而中医则以天然药物为主。从目前来看，西药的优点是方便，长于急救，中药的优点是处方加减灵活，长于调养。当然，这种比较只是相对而说的，如中药制成成药服用，也很方便，并且对某些急性病也有着很好的疗效。
以上中西医比较，只是就现象而说，如果再深入一步，不难发现，两者形式虽然不同，但治病救人的目的却是一致的。无庸讳言，中医的独特理论体系与西医有着很大的差异，但两者都能治愈疾病，都是科学。这一点，20世纪的科学巨人爱因斯坦看得十分透彻。1953年，爱因斯坦在给美国加利福尼亚州圣马托的J·E·斯威策的复信中说：“西方科学的发展是以两大伟大的成就为基础，那就是：希腊哲学家发明形式逻辑体系(在欧几里得几何学中)，以及通过的实验发现有可能找出因果关系(在文艺复兴时期)。在我看来，中国的贤哲没有走上这两步上那是用不着惊奇的，令人惊奇的倒是这些发现（在中国）全都做出来了。”
当中国医学在世界发散其熠烟光辉的同时，限于当时自然科学的水平，直到18世纪，西医在许多领域尚不能与中医同日而语。著名的科技史专家李约瑟博士说：“中国古代和中古代的医生和技士们的本领，比大多数汉学家愿意承认的强得多”，确非溢美之词。
“江山代有才人出，各领风骚数百年”。随着自然科学的发展，强调“结构决定功能”，重视考察组织结构，并以实验和分析结构为主的西医学，凭借化学、物理学及显微镜等各种仪器的帮助，逐步显现出强大的生命力。
那么，在现代科技日新月异的情况下，中医的优势是否丧失殆尽了呢？回答当然是否定的。从总体来看，在整体的医学模式、独特的理论体系、灵活的辨证方法、特殊的治疗手段、科学的药物配伍等方面，中医药学至今仍具有西医西药所无法取代的优势。
以临床而言，现代医学感到棘手的某些常见病、危重病和疑难病，如感染病、免疫性疾病、内分泌疾病、心脑血管病、哮喘、慢性肝肾疾病、胶原性疾病、神经病后遗症、衰老及老年病、再生障碍性贫血、晚期癌症等，采用中医药物及针灸、气功、推拿、火罐等特殊治疗手段治疗，每每能够取得满意的疗效，这就使国内外医药界人土更寄厚望于中医药学。
实践证明，理论体系完全不同的中西医学，并无绝对的优劣高下之分，双方都各有其科学性和合理性，但又都不是尽善尽美的。如果说中医学缺乏分析定量和实验，那么西医学则有机械唯物论和缺乏整体统一性的遗憾。
西方科学和中国文化对整体性、协和性理解的很好的结合，将导致新的自然哲学和自然观。而这个理想体现在医学上，显然就是未来的中医现代化方向。
