中医药学与西医药学应该是平起平坐、相互补充而又不能相互取代的两大医疗保健体系。二者理论与实践完全不同，不能相互作为证伪的标准，更不能拿西医药当作中医药的“历史审判庭”。
国家科技部中心研究员贾谦说，中西医药的主要差别是：
看问题角度不同
中医药学从宏观角度看问题，将人看作一个有机的整体，机体的各部分相互影响。中医药有宏观准确性，缺少微观精确性；而西医药学则从微观看问题，采用分析法，不把人当，而视为各零件的组合，有微观精确性，却无宏观准确性。认识论告诉我们，宏观可以统帅、包括微观；微观只能说明和解释宏观，而不能统帅和包括宏观。因此中医药可以同化西医药，西医药不可能同化中医药。也可以说，中医药博大精深，再有200年，西医药也赶不上、也理解不了中医药。在这一点上，我们要有民族自信心。
依靠对象不同
西医给人找病，中医给人找健康。西医以药为依靠对象，用药对抗疾病，如用药消炎灭菌。中医则是依靠病人的自我康复能力，虽然有时也用药直接对抗一些疾病，但用药主要是借以调动人这一复杂、开放的巨的自我组织能力而已。西医是对抗医学，中医是中庸医学。
毒副作用问题
西药是纯而又纯的单体，结构清楚，作用靶点单一。有人提出，中药是多靶点作用，其实是不合适的：中药用于调整而非对抗。西药由于作用单一，局部对抗，毒副作用很大，历史上多次重大药害事故说明了这一点，近年淘汰的ppa又是一例。西药之毒副作用是其不可克服的一大弱点：食至精则有害，药至精则有毒。只要辨证论治，配伍得当，中药几乎没有什么副作用；中医认为是药三分毒，讲究“中病即止”，“效必更方”，从不主张长期大量用药，几千年来，没有哪种中药因毒副作用被淘汰。
