在肝腺癌的治疗中，手术切除为首选方法。肝腺癌的手术方式视肿瘤大小、位置不同而异，可作局部、肝叶或半肝切除，肝腺癌早期进行手术切除是提高生存率的关键，肿瘤越小，五年生存率越高。适宜手术的肝腺癌患者有以下几类：1，诊断明确，估计病变局限于一叶或半肝者;2，无明显黄疸、腹水或远处转移者;3，肝功能代偿尚好，凝血酶时间不低于50%者;4，心、肝、肾功能耐受者。目前公认在肝腺癌的治疗中，局部切除较规则肝叶多达到的治疗效果好，术后肝功能紊乱减轻，手术死亡率亦降低。
肝腺癌对放疗化疗不敏感，因此放化疗在肝腺癌的治疗作用不突出，但由于放射源、放射设备和技术的进步，各种影像学检查的准确定位使放射治疗在肝腺癌的治疗中地位有所提高，疗效亦有所改善。有统计报道说放射总量超过40Gy(4000rads容气量)合并理气健脾中药使肝腺癌患者一年生存率达72.7%。另外，对肝腺癌较为有效的化疗药物以CDDP(顺铂)为首选，常用的还有5Fu、阿霉素(ADM)及其衍生物、丝裂霉素、VP16和氨甲喋呤等。一般认为单个药物静脉给药对肝腺癌的治疗效果较差。采用肝动脉给药和(或)栓塞，以及配合内、外放射治疗应用较多，效果较明显。
另外，中医与肝腺癌的治疗也有很深的历史渊源。肝腺癌属于中医“肝积”、“肝壅”、“肥气”、“痞气”、“积气”、“积聚”、“癞瘕”、“鼓胀”、“胁痛”、“黄疸”的范畴，认为肝腺癌是由于正气虚损，邪气乘袭，蕴结于脏腑，血行不畅，痰瘀毒结而形成的。并通过病因分析，发现肝腺癌的发生与脾脏关系密切，所以中医治疗肝腺癌临床上多用健脾益气的方法，对延长肝腺癌患者的生存期、提高肝腺癌患者的生存质量有重要作用。中医学作为我国的特色医学，在肝腺癌治的治疗方面积累了丰富的临床经验，中国中医科学院作为国内中医药的领军机构，在国家的支持下，在治疗肝腺癌方面取得了一系列研究成果，余桂清教授提出的“抑扶平衡疗法”已经成为中医中药治疗肿瘤的基本指导思想之一。另外，扶正消症胶囊，健脾益肾颗粒等中成药也对肝腺癌的治疗起到很好的疗效，配合西医的治疗手段，一方面能协同抑制肿瘤，一方面能调节人体免疫，减轻西医治疗的副反应症状。
总的来说，肝腺癌的治疗应以手术切除为首选方法，中晚期及发生转移而无法手术的肝腺癌患者，多主张采用中西医结合的综合疗法。
