眼睛疾病的严重程度通常与镜片清洁程度有关。清洁保养没做好，污垢堆积在镜片上，不仅减低镜片使用寿命，也会造成难以回复的眼睛伤害。一句话，清洁做得好，眼睛问题少。
1.一定要用手搓洗镜片
如同一般脏衣服若没有经过先搓洗，直接丢入洗衣机，是无法去除顽垢的道理一样，隐形眼镜一定要经手搓洗30秒以上，才可达到清洁效果。研究报告指出，由手搓洗镜片，比任何机器更能有效去除镜片上的杂质及沉淀物。另外，自来水或开水没有清洁消毒作用，不可用来清洗隐形眼镜。
2.每1年左右更换新的隐形眼镜
再完美的清洁保养方式，仍会有少许微生物残留在镜片上。即使不常使用，镜片材质经过1年左右，自然变得老旧，此时应丢弃换新，以免伤害眼睛。
3.镜片不可放在生理食盐水中保存
生理食盐水没有杀菌作用，相反容易滋生细菌，造成眼睛的感染。
4.不同厂牌的隐形眼镜，不可交替使用
因为各厂牌药水种类成分不同，不可混合使用或随意更换，以免引起化学作用，损坏镜片。其实，到目前为止，眼科医师均认为，没有任何一种隐形眼镜药水是"完全没有副作用"的。
加热消毒法不会造成化学药剂残留的副作用，但加热方式易减少镜片寿命;多功能药水简单方便，双氧系统的杀菌力最强，但是两者的清洁功能较差。
传统式清洁、冲洗、浸泡分开使用药水的方法虽然麻烦，却是目前眼科医师认为较安全的清洁保养程序。
5.每周定期去除蛋白
蛋白质吸附在镜片上，时间长了会形成一片厚墙般，易刮伤眼角膜。
7.配戴隐形眼镜前，要先冲一下生理食盐水
因为隐形眼镜药水多为化学制剂，直接戴在眼睛上容易造成刺激，最好先用生理食盐水冲洗干净后再戴。
8.隐形眼镜不可以长期浸泡在药水中
长时间的浸泡，会使药水失去消毒能力，还原成普通水，反而变成滋生细菌的温床。通常2天后要更换一次新的浸泡液，有些药水可以密闭保存一星期，需视药水本身的成份而定。配戴前一定要重新消毒清洗一遍。
9.半年一次送原厂保养
通常眼镜行是将所有的眼镜放在一起清洗，易有感染之虞。只要个人将日常清洁保养工作做好，每周定期去除蛋白，仅需半年送回隐形眼镜公司原厂保养一次即可。
10.双氧消毒系统，一定要中和后才可使用
双氧消毒系统因使用3%过氧化氢(跟一般外伤用的双氧水一样)，一定要用白金环或中和片后才不会造成眼睛灼伤。像白金环的中和效果会随使用次数递减，建议每次换新药水时，同时更换白金环。另外，高含水量的拋弃式隐形眼镜，不宜用双氧消毒系统，否则镜片会变形。
11.眼睛红，最好先取下隐形眼镜
只要眼睛有发红、畏光、流泪等不适情形，最好立即取下隐形眼镜，并且带着隐形眼镜一起去给眼科医师检查，看看哪里出了问题。隐形眼镜族的眼角膜通常比较脆弱，大部份的人都是拖到视力模糊时才来就诊，这时视力已经受到相当损伤。
12.定期更换隐形眼镜的保存盒
每天都应该冲洗清洁保存盒及放置镜片的篮子。此外，每周用热水烫过、中性洗剂清洁、晾干;半年左右换一次保存盒。最好不要放在浴室，因为潮湿容易发霉。
酵素片的去蛋白作用，可以分解蛋白质结构，维持镜片表面的清洁。成分中含有酵素(enzyme)，具有去蛋白的效果。到目前为止，市面上仍然没有任何一种消毒药水，可以完全取代每周的去蛋白工作。此外，去蛋白酵素片并非浸泡愈久效果愈好。最好不要浸泡超过12小时，因为经分解后的蛋白质重新渗入镜片，牢牢吸附，届时更难清洗。
6.药水也有使用期限
药水拆封后，最好在4个月内用完或丢弃换新，以免药水变质。生理食盐水拆封后，因不含防腐剂，使用期限最好不要超过1个月。
