对于治疗上消化道溃疡药物的药物经济学比较，可以从纵向和横向两个方面来进行。
从纵向来说，可以比较使用H2受体拮抗剂和质子泵抑制剂，在达到同样治疗效果时花费的差异。北京煤炭总医院曾经进行过一次比较，分别使用法莫替丁、法莫替丁加立止血、奥美拉唑、奥美拉唑加立止血四种不同的方法治疗消化道溃疡出血。结果发现，单纯使用法莫替丁花费最少，可效果最差；使用法莫替丁加立止血有一定效果，而且花费比较低；使用奥美拉唑效果很好，花费却比前两种高；最后使用奥美拉唑加立止血，效果与单纯使用奥美拉唑无显著差异，花费却要多。由此可见，第二和第三方案是比较合理的。将第二、第三方案进行比较，法莫替丁加立止血一个疗程总花费（748元）比单纯使用奥美拉唑（1038元）低，但按获取的治疗效果单元比较，前者比后者每获得一个效果单元的花费却要高些。这就意味着，对于总支付能力确有困难的患者，应该选择法莫替丁加立止血的方法。而对于有支付能力的患者，单纯使用奥美拉唑更划算。
从横向来说，可以比较使用同类不同品牌药物间花费的差异。根据荷兰Groningen大学最新的研究报告，在使用质子泵抑制剂治疗上消化道溃疡时，使用雷贝拉唑、潘妥拉唑或奥美拉唑，效果差异与用药剂量关系密切，与使用什么产品并无明显关系。这样的情况下，使用价格比较低的药品自然比较合算。
还有一个比较特殊的问题是，质子泵抑制剂的化学成分不稳定，制作工艺缺陷可能使得药品在储存几个月后有效成分大量丧失。有研究显示，国内一些工艺粗糙的仿制奥美拉唑，储存6个月后有效成分仅剩10％。在这种情况下，表面上价格最便宜的粗糙仿制品反而可能是最贵的。
