阿米巴性阴道炎是阿米巴原虫引起。这种原虫常常使人类肠道发生感染，引起阿米巴痢疾。感染了阿米巴的患者在大便时，阿米巴滋养伴随粪便排出，如不注意卫生，可污染外阴，并经阴道口侵入阴道内。当机体抵抗力下降时或阴道有破损时，引起阴道炎。
阿米巴滋养体主要侵犯肠道，所以患者可有腹泻式痢疾病史，发生阿米巴性阴道炎后最主要症状是分泌物异常，为血性浆液性或脓性粘液性分泌物，并伴有阴道，外阴瘙样、疼痛。这是因为阿米巴滋养体可使阴道上皮细胞坏死，形成溃疡所致。如发生局部组织增生，可形成肿瘤样物，会被误诊为恶性肿瘤或结核，这时需要活检。
