先天性心脏病是种常见病，通过手术可以治愈或减轻症状，这样患儿才能正常生长发育。因为先天性心脏病的病情在成长过程中可能产生各种并发症，有的损害病儿的心肺功能，有的因此丧失手术的治疗时机，有的造成残疾，甚至死亡。其中，最常见的并发症包括肺炎、营养不良和贫血，严重的还有心力衰竭、肺动脉高压等。
首先，咳嗽、气促是肺炎的常见症状。临床上许多患儿常因肺炎就诊被医生确诊为先天性心脏病，其实心脏病是肺炎的祸根。如常见的有室间隔缺损、动脉导管未闭和房间隔缺损等，造成患儿肺部充血、肺动脉压力升高，因而使水份向肺泡间质渗出，肺内水份和血流增加，发生呼吸费力、呛咳等。先天性心脏病如不经治疗，肺炎与心力衰竭可反复发作，造成患儿多次病危，甚至死亡。
其次，还可能出现营养不良和贫血。由于心内或心外的大分流使富载营养的动脉血无谓地进入肺循环，长此以往形成恶性循环。一方面，机体得不到必需的营养；另一方面，患儿因心力衰竭和胃肠道缺血出现食欲减退、恶心、呕吐和喂养困难。而且，先心病患儿大多存在不同程度的营养不良。
