当“大三阳”患者的机体免疫功能被激活时，免疫系统能识别出乙肝病毒的抗原物质和受病毒感染的肝细胞并出现清除病毒的反应，这是机体的一种自身保护反应。
其结果是大量病毒被清除，而同时受感染的肝细胞也遭到破坏，出现转氨酶升高，有时还会出现胆红素的升高(即黄疸)。
但这种清除常常是不彻底的，对于非复制状态的病毒常常不能杀死而呈潜伏状态。当机体免疫力下降时，病毒又重新开始复制，感染新的肝细胞，并导致新一轮的免疫攻击。
如此反复清除、破坏，再清除、再破坏的过程，就是慢性肝炎发展的过程。随着血液中病毒的清除，血清中抗-HBe出现，HBeAg消失，也就从“大三阳”转成了“小三阳”。由此可见，能从“大三阳”转成“小三阳”，对大部分的乙型肝炎病人(感染变异病毒者除外)来说象征着体内病毒复制的下降，病毒数量的减少，有时血液中甚至检测不到病毒。
虽然“大三阳”或“小三阳”与肝脏损伤的严重程度不直接相关，但病毒减少时受感染的肝细胞会减少，免疫反应和肝损伤也会减轻，因此我们在治疗中总希望能将“大三阳”转成“小三阳”，使病毒的复制下降到最低水平，这样对病人是有利的。
