诊断胃肠病变的主要手段仍然是胃镜和X线胃肠钡餐造影检查。其中，胃镜检查尤其重要，它是内镜中发展最快、应用最广的一种，能在直视下对胃的所有部位从多角度进行全面检查，并能对病变部位直接摄影、录像、组织活检等，后者对于发现早期胃癌是绝对重要的。医师还可以通过胃镜作局部止血、切除息肉等治疗，也可在胃镜下应用激光、微波、高频电等治疗肿瘤。因此，胃镜是检查胃病最重要的工具，它独特的多功能是其他检查技术不能达到、也无法取代的。由于进行胃镜检查时，镜身必须从受检者的口腔经咽部进入食管及胃内，使敏感性很高的咽部受到刺激，会有一定的不适或痛苦。随着科技的发展，现已有直经仅5mm的超细电子胃镜（比目前常规使用的胃镜约细一半）应用于临床，大大减轻了患者的不适。对于个别特别恐惧胃镜检查者，现在可以作无痛胃镜，患者只需小睡一会检查就结束了，毫无痛苦。
X线钡餐检查也是胃病检查的主要手段，虽然总的评价其功能比不上胃镜检查，但它也有一些优于胃镜的功能，如对胃的毗邻关系、胃的形态、胃的僵硬度和蠕动度的观察，尤其对“皮革样胃”（即弥漫性浸润型胃癌）的诊断，胃镜检查不如X线检查。对胃下垂及胃肠道憩室等病变，目前仍以X线检查为首选方法。总之，两种方法是相辅相成的，不是相互代替而是相互补充。
对于胃肠肿瘤患者，为了明确是否转移到周围邻近脏器，可作腹部CT扫描检查，对于深埋于黏膜下的肿瘤，目前最理想的检查是超声内镜检查。
超声诊断的原理是利用超声的脉冲反射确定深部组织有无病变，对腹部肝、胆、胰、脾等实质性脏器的病变有较高的诊断价值，对深而大的溃疡或具有明显肿块的胃癌虽也有一定的诊断价值，但因胃与肠是空腔器官，在超声反射中是无回声的，而胃肠的主要病变如肿瘤与溃疡也同属无回声或低回声，检查时无法产生明显反差。所以，对黏膜缺损很小的溃疡和早期胃癌的病变，超声检查很难发现，对于胃黏膜的慢性炎症或黏膜糜烂超声则根本无法检出。为弥补上述缺点，有的医院在实施B超胃肠检查时加服一种速溶胃肠超声助显剂，使总的诊断符合率有了提高，但仍然不能明确诊断病变浅表的胃炎和黏膜糜烂及浅小溃疡，更不能诊断早期胃癌。
