疗程不足 溃疡的愈合有一个过程，包括黏膜下组织重建，血管沟通连接，上皮合拢覆盖……这些都需要时间，不可能“速治”，正所谓欲速则不达。在正确、合理使用药物的前提下，十二指肠球部溃疡疗程为4 ～6周，胃溃疡6～8周。面积大的溃疡、多发溃疡、复合溃疡、不能除去致病因素的溃疡，疗程还要长一些。即便是特效新药也不能缩短这个期限。
治疗疗程不足还有一个常见的原因，就是症状减轻或消失，患者误认为是治愈。目前临床常用的治溃疡病药物，如雷尼替丁、法莫替丁，尤其是奥美拉唑、泮托拉唑等，使用后1～2天，患者都可收到满意的止痛和抑酸效果。但这绝不是溃疡病已经治愈的标志。此时如果患者自行停药，不但会贻误治疗，还会给以后的治疗带来麻烦。
用药不当 目前胃药种类繁多，有些药物的确可以愈合溃疡，但另外一些则只能止痛、抑酸，治标不治本。如果患者自行选择药物进行治疗，很难取得期望的疗效。
未根治幽门螺杆菌 幽门螺杆菌的发现，使溃疡病的治疗发生了根本性的改变。据调查，70%～80%的胃溃疡，以及85%～95%的十二指肠溃疡，都有胃内幽门螺杆菌感染。幽门螺杆菌是导致溃疡病的最主要因素，因此根除这种细菌后，溃疡病复发率大大下降，出血、穿孔、梗阻等常见并发症也会随之降低，一些难治性溃疡也能够成为可治之症，其重要性可见一斑。
如果患者对此项治疗不重视，或者根治用药不规范，溃疡病将很难治愈。
忽视其他致病因素 溃疡病是一种多致病因素的疾病，有时是数种有害因素共同起作用，除了幽门螺杆菌外，长期大量吸烟，使用消炎镇痛药（如消炎痛、布洛芬、阿司匹林）以及肾上腺皮质激素类药物（如强的松）等，均可引发溃疡病。
此外，长期精神紧张、过度劳累，也可延缓溃疡愈合或促使合并症的发生。某些患者对治疗溃疡病的药物（如雷尼替丁、西咪替丁）有抵抗，即使用足疗程也不能使溃疡愈合，称为难治性溃疡。这时要考虑换药，或加用其他药物，否则难以痊愈。
在足量用药仍不能彻底治愈溃疡的情况下，应该警惕患胃癌、胃淋巴瘤、嗜酸性细胞肉芽肿、胃泌素瘤、十二指肠癌的可能。
