补牙洞需要做两个方面的工作：一方面是去龋备洞，另一方面是消毒充填。补牙洞消毒的主要目的是杀菌，以防止进一步龋坏。因为被保留的牙本质内还有细菌残存，备洞时不可能将这些细菌去除，使用渗透性好的药物，将牙本质内的残存细菌杀灭，便可防止龋坏的进一步发展。
常用龋洞消毒的药物包括：
(1) 麝香草酚：消毒力强，在牙本质中渗透性较大，对牙髓刺激轻微，具有轻度止痛作用，是较好的窝洞消毒药。0.003%溶液可抑制化脓性细菌生长。
(2)樟脑酚：消毒力弱，但渗透性较强。
(3)丁香油酚：具有消毒、安抚止痛作用，但消毒力较弱。
(4)硝酸银：是强消毒剂和腐蚀剂。10%溶液用于浅龋窝洞消毒，不宜作深龋洞的消毒。0.1%溶液可杀灭多种细菌；0.01%溶液能抑制细菌生长。因为硝酸银刺激性很大，使用不当时会伤害牙髓，故使用时需加注意。
(5)酒精；75%酒精杀菌力最强，但临床上很少用于窝洞消毒，因可能引起疼痛。
