治疗前尽可能明确诊断，并考虑患者年龄，对生育要求、病情严重程度、症状及病灶范围，加以全面考虑。
一、激素治疗
（一）丹那唑：是一种合成甾体17α-乙炔睾丸酮的衍生物。其主要作用是抑制下丘脑GnRH产生，从而使FSH、LH合成及释放减少，导致卵巢功能受抑制。亦可直接抑制卵巢甾体激素的合成或竞争性与雌孕激素受体结合，从而导致异位内膜萎缩，不排卵及闭经。丹那唑还有轻度雄激素作用，产生毛发增多，声音变低沉，乳房变小及痤疮出现等男性化表现。丹那唑 另一常见副作用是水分潴留及体重增加。患有高血压、心脏病或肾功能不全者不宜应用。丹那唑主要通过肝脏代谢，并可能对肝细胞产生一定损害，故患有肝疾患的妇女禁用。
常用剂量为400mg/d，为2～4次口服，从月经开始服用，一般在1个月左右症状即有所减轻。如无效，可加至600～800mg/d，取得效果后再逐渐减至400mg/d。疗程一般为6个月，90～100%均取得闭经的效果。
丹那唑对盆腔腹膜的内异症疗效较好，对大于1cm直径卵巢异位肿块疗效较差。
（二）内美通（Nemestran）：即3烯高诺酮（R2323），为19去甲睾丸酮衍生物，具有较高抗孕激素活性及中度抗雌激素作用，抑制FSH及LH分泌、使体内雌激素水平下降，异位内膜萎缩、吸收。
（三）促性腺激素释放激素激动剂（GnRHa）：1982年Meldtum及Lemay报道，应用LHRHa治疗内异症获得良好效果。LHRH对垂体有双相作用。LHRH大量持续应用，使垂体细胞呈降调反应，即垂体细胞受体被激素占满无法合成释放FSH、LH、而起反调节作用。副反应为潮热、阴道干燥、头痛、阴道少量流血等。
（四）三苯氧胺（Tamoxifen，TMX）：为双苯乙烯衍生物。剂量为10mg×2/d，月经第五天开始，20天为1疗程。
（五）合成孕激素：可用炔异诺酮、炔诺酮或甲孕酮（安宫黄体酮）等作周期性治疗，使异位内膜退化。从月经周期第六天开始至第二十五天，每日口服上述一种药物5～10mg。疗程视治疗效果而定，此法可抑制排卵。因此，对希望生育者，可从月经周期第十六天开始到第二十五天，每日应用炔异诺酮或炔诺酮10mg。这样既可控制子宫内膜异位症，又不致于影响排卵。部分病例在治疗期有较重的副作用，如恶心、呕吐、头痛发胀、子宫绞痛、乳房疼痛以及由于水分潴留及食欲改善而体重过度增加等，给予镇静剂、止吐剂、利尿药及低盐饮食可以减轻。
睾丸素：对本症也有一定疗效。应用剂量应随病人之耐受量而定。最好开始剂量为10mg，每日2次，于月经周期后2周开始口服。这种剂量很少影响月经周期及发生男性化副作用。但要达到止痛目的常需持续服用几个周期。此后可减低剂量再维持治疗一个时期后，停药观察。如能妊娠，则本病即能治愈。
二、手术治疗
手术治疗为子宫内膜异位症的主要方法，因为在直视下可以基本上明确病灶范围和性质，对解除疼痛，促进生育功能效果较好，疗程短尤其对重症者，纤维化多，粘连紧密，药物不易奏效。较大卵巢内膜样囊肿，药物治疗无效，手术尚有可能保留有效卵巢组织。手术可分为保守性手术，半根治性手术和根治性手术3种。
（一）保守性手术：主要用于年轻、有生育要求者。保留子宫及附件（尽量保留双侧），只是切除病灶，分离粘连，重建卵巢，修复组织。近年来应用显微外科手术，切除异位病灶，仔细缝合创面，重建盆腔腹膜，仔细止血，彻底冲洗，使手术效果臻于完善，提高手术后妊娠成功率，降低复发率。
1、腹腔镜手术：通过腹腔镜检查，可明确诊断，可用特种设计的刀、剪、钳等进行病灶切除，分离粘连。在腹腔镜下可用CO2激光器或氦-氖激光器烧灼病灶，即在耻骨联合上2cm处做第二切口，激光刀通过这切口的套管进入盆腔，在腹腔镜直视下烧灼病灶。也可经腹腔镜穿刺吸出囊液，再用生理盐水冲洗，然后注入无水乙醇5～10ml，固定5～10分钟后吸出，最后用生理盐水冲洗后吸出。
在腹腔镜下还可行输卵管通液检查。
2、B超下行卵巢内膜样囊肿穿刺术：对手术剥离术后或腹腔镜下穿刺后复发病例，可考虑超声下穿刺术及药物治疗。
3、剖腹保守性手术：用于较严重病灶粘连患者，尤其是无腹腔镜设备医疗机构或腹腔镜掌握不熟练者，皆可实行剖腹手术分离粘连，挖除卵巢子宫内膜样囊肿，尽可能保留正常的卵巢组织，如病灶仅限于一侧且较重，另一侧正常，有人主张将病侧附件切除。这样做妊娠率较保留病侧卵巢后的妊娠率高。还可做简单子宫悬吊术。是否做骶前神经切除值得商榷。
保守手术的重要目的之一，为希望妊娠足月分娩，故术前应对夫妇双方进行彻底的不孕检查。术后复发者仍可再次采用保守手术，仍可获得疗效。
（二）半根治手术：无生育要求，病灶严重，而年龄较轻者（＜45岁），可行子宫和病灶全切，但尽可能保留一侧正常的卵巢组织，以避免绝经期症状过早出现。一般认为半根治术后复发率低，后遗症少。切除子宫可去除具有活力的子宫内膜细胞种植的来源，从而可减少复发机会。但因保留了卵巢仍有可能复发。
（三）根治性手术：年龄接近绝经期，尤其病情重，有过复发者，应实行全子宫及双侧附件切除。手术时尽可能避免卵巢内膜囊肿破裂。囊液流出时应尽快吸尽，冲洗。术后出现更年期综合症者，可用镇静剂及尼尔雌醇。
腹壁、会阴切口处发生子宫内膜异位症者，应彻底切除，否则会复发。
子宫内膜异位症患者常合并排卵功能障碍，故不论采用激素治疗或保守性手术治疗，皆可用HMG或/及克罗米芬促卵泡成熟排卵。
如为不育而实行保守手术治疗者，可应用激素治疗3～6个月以巩固疗效。但有人认为，术后1年是妊娠最易发生的时间，用丹那唑或假孕治疗，反而减少受孕机会而不主张用。
三、放射治疗
虽然放疗用于子宫内膜异位症已有多年历史，但应用多种药物及手术达到很高疗效，一般不破坏卵巢功能，而放射治疗子宫内膜异位症的作用，在于破坏卵巢组织，从而消除卵巢激素的影响，使异位的内膜萎缩，达到治疗的目的。放射线对异位的内膜破坏作用并不明显，但对既不能耐受激素治疗又因病灶位于肠道、泌尿道及广泛盆腔粘连，尤其是合并心、肺或肾等严重疾病，本人又十分惧怕手术的个别患者，也可采用体外放疗，破坏卵巢功能，达到治疗目的。即便个别接受放疗者，必须先明确诊断，特别是不能将恶性卵巢肿瘤误诊为子宫内膜囊肿，以至错治而延误正确治疗。
