配穴法是指临床时穴位如何配伍，并非指处方的一般原则，在应用时一定要根据病情的变化而随症加减配穴。现将李氏配穴方法和特点归纳如下：
１．前后配穴法：前是指胸腹，后是指背腰。前后呼应的配穴，在《灵枢·官针篇》十二刺中曾提出“偶刺”。李氏说：一般来讲正对病痛所在的胸腹（前）或背（后）部的穴位，凡和病情相适应的都可选配用。如胃病，前面配取中脘，后面就可与取胃俞。在特定穴中，五脏六腑于背部各有背俞，胸腹部各有募穴。由于脏腑的功能作用关系着全身，故俞、募的治疗影响很大，能够适用于多方面的疾病，是躯干的重要腧穴。对脏腑疾病来讲，配用俞募穴是近取法；对五官四肢病症来说，用俞募穴是随症配穴法。五腑俞，对于五官、五体都有一定的作用。如肝应目及筋，心应舌及脉，脾应口及肌肉，肺应鼻及皮肤，肾应耳及骨髓等。另外，募穴邻近穴，也有和募穴相似的作用。如中脘之旁的梁门，天枢之旁的大横，关元之旁的水道穴等均是。故用前后配穴可以俞募为代表，但不仅限于俞募。临床时前后可以同用，也可根据病情分别选用，或和其他配穴法使用。
２．表里配穴法：阳经与阴经表里相贯，表里配用有增强穴位的协同作用。如胃脘痛取配公孙和足三里，咳嗽取太渊和合谷等均是。除了一般的表里经穴配用外，还有原络配穴法。即何经的病症，取其本经的原穴为主，配用其表里经的络穴为辅，以原为主，络为客，称为主客原络配穴法。例如肺经病症取配肺经原穴太渊，配大肠经之络穴偏历；大肠经病取配大肠经原穴合谷，配肺经络穴列缺等。表里配穴还包括表经病症配里经穴，里经病症配取表经穴。在透穴针刺法中还可表里经相透，如内关透外关等。
３．上下配穴法：上是指上肢和腰部以上的穴，下是指下肢和腰部以下的穴。临床时上下肢配穴应用最广。例如肩部疾患可取上肢的中渚穴，下肢的阳陵泉穴。咽炎、牙痛，上肢取合谷，下肢配取内庭穴等。除了一般的上、下肢穴位配用外，还特别提出了八脉交会八穴。这是指上下肢四对穴位，能主治有关奇经八脉病症。而且说明八穴是和奇经八脉相通。八穴分属上、下肢，应用时上、下配合。内关通阴维，在上公孙通冲脉，在下两穴相配合，主治心、胸、胃方面的病症。外关通阳维，在上临泣通带脉，在下两穴相配合，主治目外眦、耳后、颊、颈、肩部病症。后溪通督脉，在上申脉通阳跷，在下两穴相配，合主目内眦、颈项、耳、肩膊方面的病症。列缺通任脉，在上照海通阴跷，在下两穴相配，合主肺、咽喉、胸膈部病症。
４．左右配穴法：指经络穴位，左右两侧相对应。对于内脏病症的取配穴，一般以左右配伍加强其治疗作用。如胆道系统疾病，取两胆俞，或两阳陵泉等都是。此外，左右交叉取配穴是远道取穴法的一种。就是左侧病痛，取右侧相对应穴位。右侧病痛取左侧相对应的穴位。如踝关节急性扭伤，李氏在临床中多是采用这种配穴法。
５．远近配穴法：由于经络的本部和标部相呼应，在选穴原则中已提到近取配和远取配的概念。临床治疗，这两者常互相配合。如胆病取配胆俞穴等是近取配，取阳陵泉等穴是远取配，将远近参合起来就成远近配穴法。远近配穴法是各项配穴法的总的概括。除了上述的上下配穴外，另一种配法，则是将八穴分别选配用作头身脏腑病症远道取配法的主穴。如《针灸大成》记载的：“中满不快，胃脘受寒，选取内关为主，后取中脘、大陵、三里等穴。”指出选取主治之穴，次取随症各穴而应之。这种主穴配伍李氏认为都是属于远近配穴。现将临床常用之远近配穴例表于下：
各部疾病就近选配和远道选配穴举例表
病 位 就近选穴 远道选穴
头部 前额印堂、阳白合谷、内庭 颞部太阳、率谷中渚、足临泣
后头 风池、天柱后溪、束骨
头顶 百会太冲
续表
病位 就近选穴 远道选穴
眼部 睛明、承泣、风池、合谷
鼻部 印堂、迎香、合谷
口齿部 颊车、下关、地仓合谷
耳部 翳风、听宫、听会、中渚、外关
舌部 廉泉、合谷
咽喉部 天突、合谷
气管 天突、列缺
肺脏 肺俞、膻中、天突、列缺、尺泽
心脏 心俞、厥阴俞、膻中、内关、神门、间使、郄门
胃 胃俞、中脘、内关、足三里
肝脏 肝俞、太冲
胆 胆俞、胆囊穴、阳陵泉
肠 大肠俞、小肠俞、天枢、关元、上巨虚、足三里
肾脏 肾俞、志室、太溪
膀胱次 、中极、三阴交
生殖器 中极、关元、子宫三阴交
肛门 长强、秩边、承山
上肢 肩、曲池、合谷夹脊（颈５～胸１）、颈臂
下肢 环跳、委中、阳陵泉、悬钟夹脊（腰３～骶１）
