幽门螺杆菌与消化性溃疡的形成与复发密切相关，所以对X线或胃镜检查诊断明确的十二指肠溃疡或胃溃疡患者，首先要区分幽门螺杆菌感染阳性抑或阴性。 如果阳性，应给制酸剂同时加抗菌治疗，或给粘膜防护剂加抗菌药物。制酸剂可用H2受体拮抗剂或质子泵阻滞剂，在十二指肠溃疡疗程为4～6周，在胃溃疡疗程 适当延长至8～12周，应按溃疡愈合与否为准绳。制酸剂也可用粘膜防护剂来替代。抗菌药物应联合用药，小剂量短疗程以减少耐药的发生及副作用。对幽门螺杆菌阴性的患者，按常规治疗，疗程可按溃疡的愈合情况适当缩短或延长。至于是否应服维持量长期治疗，应视复发的情况来决定，反复发作者应长期给服维持量，疗程至少1年，也可更长。
