SMVT早期在肠缺血尚未导致透壁性坏死和穿孔时，可以进行保守治疗。予肝素以及尿激酶溶栓，口服华法林维持3～6个月，溶栓治疗期间监测凝血功能，根据结果调整药物用量，防止脑出血、胃肠道出血等严重并发症的发生。另外还可采用介入治疗，包括经肠系膜上动脉内直接导管溶栓、经皮经肝和经颈静脉，经肝穿刺门静脉途径进行机械性取栓同时配合门静脉内直接溶栓治疗。介入治疗为局部溶栓既可以取得满意的疗效，又可以避免全身应用抗凝药带来的并发症。但是介入治疗是一项比较复杂的技术，并发症比较多，只有少数医院可以开展，制约了它的广泛应用。
对于已经发生肠坏死的的SMVT必须尽快手术治疗，目的是切除坏死小肠以及受累的肠系膜，减少毒素的吸收。但是要尽可能的保留正常的肠管，以免术后出现短肠综合征。对于不能准确判断坏死小肠范围的还可再次手术探查，避免切除缺血但可逆转的肠管，以达到尽可能保留有活力肠管的目的。同时要注意SMVT造成的血管阻塞往往十分广泛，血栓分布的范围往往超过肠管坏死的范围，肠系膜上静脉和门静脉内经常有血栓存在，而门静脉血栓是术后再发肠坏死的重要原因，因此合并有门静脉血栓时还需切开门静脉取出血栓。手术后必须继续抗凝治疗可以使血栓再发率以及病死率减少。
