不同部位消化道憩室病症状各异，治疗也需区别对待。
1.十二指肠憩室的治疗：无症状的憩室无须治疗，有症状者又与腹部其他疾患同存时，先治疗后者。如果症状确系憩室所致者，则采用内科综合治疗，包括调节饮食，制酸解痉，体位引流。除非有难以控制的并发症或癌变，一般不考虑手术。尤其是憩室周围解剖位置复杂时，手术更应慎重。
2.获得性空回肠憩室的治疗：无症状者不必治疗，凡出现严重并发症者应及时手术切除。急性炎症合并肠菌过度繁殖时可选用口服抗生素(如庆大霉素、氯林可霉素等)及甲硝唑治疗。由于吸收不良所致的症状应对症治疗。
3.憩室炎的治疗： 治疗包括禁食、胃肠减压、静脉补液维持水电解质平衡，给予广谱抗生素如庆大霉素、氨基苄青霉素及甲硝唑7～10天，也可用第三代头孢霉素。如脓肿形成，应在B超或CT引导下穿刺排脓。弥漫性腹膜炎伴或不伴穿孔、不能缓解的肠梗阻和结肠内脏瘘管者需要手术。大多数患者经内科治疗后可以缓解，如内科治疗数天未见好转或复发者亦需手术治疗。
