上世纪90年代，医改再掀波澜。1992年9月，卫生部根据国务院意见，提出要“以工助医”、“以副补主”。 2000年，改革逐渐向纵深发展，触及体制性、机制性、结构性等深层次问题。2000年3月，国务院办公厅转发八部委的《关于城镇医药卫生体制改革的指导意见》，俗称医改“十四条”；2001年5月，国务院办公厅转发四部委的《关于农村医药卫生体制改革的指导意见》。在这一过程中，医改的矛盾与困惑日益增多，随着政府卫生投入占卫生总费用的比重不断下降，到2002年已经下降到15.2%，而这些卫生费用主要来自地方财政，于是产权改革、“国退民进”的呼声日益高涨；2004年底全国有近百亿元民营和外资介入中国的近百家医院的改制工作；到2005年，中国医疗产业的总市场价值达到6400亿元。
2006年一号文件提出社会主义新农村建设，并在“十一五”规划中将建设社会主义新农村作为重要目标，这给农村医疗卫生发展创造了良好的政策环境。
医疗卫生应该也是社会主义新农村建设的重要方面。首先，投资医疗卫生，投资也就投资了人力资本。健康是人力资本的一个组成部分，是经济发展的一个推动因素。中国经济的发展很大程度上得益于我们健康的、廉价的、高质量的劳动力带动了整个制造业的发展，但在这个过程中，污染了环境，破坏了生态，损害了老百姓的健康。在科学发展观和构建和谐社会目标的指导下，应该更重视老百姓的健康，而不是简单的经济增长。况且中国经济的可持续发展离不开一支健康的劳动力队伍。其次，卫生投入，尤其是公共卫生和基础医疗投入，也是基础设施建设的重要内容。改水、改厕、垃圾处理、促进等本身是公共卫生的范畴，做好这些工作也是“村容整洁”，“乡风文明”的要求，农民健康状况提高了，就能更好地参加劳动，“生产发展”才能成为现实，从而使得农民增加收入，“生活宽裕”。
“十一五”规划纲要结合社会主义新农村建设，用单独的一节来阐述农村卫生工作，内容更为全面，提出加强以乡镇卫生院为重点的农村卫生基础设施建设，健全农村三级卫生服务和医疗救助体系；培训乡村卫生人员，开展城市医师支援农村活动；建设农村药品供应网和监督网；整合医疗卫生资源，大力提高农村、中西部地区和基层公共卫生资源的比重。新型农村合作医疗被定为农村医改的突破口，也是近期农村卫生工作的重点。根据“十一五”规划和今年两会精神，2006年“新农合”试点覆盖面将扩大到全国县（市、区）总数的40%，2007年达到60%，2008年在全国基本推行，2010年实现基本覆盖农村居民的目标。
2009年1月21日，温家宝总理主持的国务院常务会议决定，中国政府宣布今后3年内将为实施上述重大改革投入8500亿元。目标之一，就是3年内使城镇职工和居民基本医疗保险及新型农村合作医疗参保率提高到90%以上。明年，政府对城镇居民医保和新农合的补助提高到每人每年120元，并适当提高个人缴费标准，提高报销比例和支付限额。
为促进安全用药，遏制药价虚高的问题，中国将初步建立国家基本药物制度，将基本药物全部纳入医保报销目录。同时，为了方便民众就医，中国将投入巨资健全基层医疗卫生服务体系，重点加强县级医院（含院）、乡镇卫生院、边远地区村卫生室和困难地区城市社区卫生服务中心建设。
新华社2009年4月6日受权公布的《中共中央国务院关于深化卫生体制改革的意见》摈弃了此前改革过度市场化的做法，承诺强化政府在基本医疗卫生制度中的责任，不断增加投入，维护社会公平正义，逐步实现建立覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度，人人享有基本医疗卫生服务的目标。到2020年，覆盖城乡居民的基本医疗卫生制度基本建立，普遍建立比较完善的公共卫生服务体系和医疗服务体系，比较健全的医疗保障体系，比较规范的药品供应保障体系，比较科学的医疗卫生机构管理体制和运行机制，形成多元办医格局，人人享有基本医疗卫生服务。
